Das Museum der Universität Tübingen MUT ist eine zentrale Einrichtung der Eberhard Karls Universität in Tübingen. Es fungiert als Dachorganisation über rund 70 Sammlungen, inklusive etwa 135 Einzelkonvolute und Teilsammlungen – die größte Zahl an einer deutschen Universität. Als einziges universitäres Museum weltweit beherbergt das MUT Artefakte aus zwei verschiedenen UNESCO-Welterbestätten („Prähistorische Pfahlbauten um die Alpen“; „Höhlen und Eiszeitkunst der Schwäbischen Alb“). Die Initiative zur Gründung eines Gesamtmuseums an der Universität Tübingen ging einerseits von PD Dr. Alfons Renz aus, der seit 2002 im Auftrag des Rektorats Objekte und Konvolute vor allem naturwissenschaftlicher Sammlungen sicherte, andererseits von einer Arbeitsgruppe um die Fachkustoden und Museumswissenschaftler:innen Dr. Anette Michels (Grafische Sammlung), Dr. Volker Harms (Ethnologie) und Professor Dr. Gottfried Korff (Empirische Kulturwissenschaft). Am Internationalen Museumstag 2006 wurde die Ausstellung „38 Dinge. Schätze aus den Natur- und Kulturwissenschaftlichen Sammlungen der Universität Tübingen“ eröffnet, die den Startschuss für die zentrale Einrichtung gab. Schließlich führte eine Rektoratskommission unter Vorsitz von Prorektorin Professorin Dr. Barbara Scholkmann im Oktober 2006 zur Gründung des MUT. Die erste Leiterin des MUT war von Oktober 2006 bis Frühjahr 2008 Professorin Dr. Anke te Heesen, bis zu ihrer Berufung an das Ludwig-Uhland-Institut für Empirische Kulturwissenschaft. Seit Oktober 2008 ist der Kunsthistoriker Professor Dr. Ernst Seidl Direktor des MUT. Das MUT erforscht die universitären Sammlungen und verbindet sie organisatorisch miteinander. In der ständigen Ausstellung und den regelmäßig wechselnden Ausstellungen stellt das MUT ein Expositionslabor für die Universität bereit und macht die Sammlungen sowohl für Forschung, Lehre und Bildung nutzbar als auch für eine breitere Öffentlichkeit zugänglich.

Die Geschichte des Linden-Museums beginnt mit der Gründung des „Württembergischen Vereins für Handelsgeographie“ am 27.2.1882. Als ab 1884 Deutschland in den Besitz eigener Kolonien kam, sah sich der Stuttgarter Verein auch als Informationsplattform für die hinzugewonnenen Länder in Afrika, Asien und der Südsee und half Auswanderungswilligen, sich auf das Leben in den Kolonien vorzubereiten. 1884 begann der Verein daher mit dem Aufbau eines „handelsgeographischen” Museums in der Gewerbehalle (Standort der heutigen Universitätsbibliothek Stuttgart), in der Handelswaren aus den Kolonien – Rohstoffe oder Produkte – gezeigt wurden. Karl Graf von Linden (1838 - 1910), Jurist und zuletzt Oberkammerherr am württembergischen Königshof, übernahm 1889 den Vereinsvorsitz und trat für eine ethnologische Ausrichtung des neuen Museums ein, in dem die verschiedenen Kulturen in ihrem damaligen Bestand gesammelt und dokumentiert werden sollten. Das Museum war fortan bekannt unter dem Namen „Museum für Völker- und Länderkunde“. Die schnell wachsende Sammlung erforderte, sich nach einem neuen Standort umzusehen. Man entschied sich zum Bau eines eigenen Hauses am heutigen Standort, dem Hegelplatz. Der Grundstein zum neuen Museum wurde am 10. Januar 1910 gelegt, einige Tage vor dem Tod des Grafen von Linden. Am 28. Mai 1911 wurde das Haus unter dem Namen seines Gründers eingeweiht. Seither trägt das Haus den Namen „Linden-Museum“, auch wenn sich seine Forschungs- und Sammlungsschwerpunkte im Laufe der Zeit entsprechend der sich wandelnden wissenschaftlichen Paradigmen verändert haben. Das Linden-Museum ist eine der in Deutschland führenden Institutionen in der Aufarbeitung seiner kolonialen Geschichte und befindet sich in einem Prozess der Neuausrichtung.

Die Wurzeln des Stuttgarter Naturkundemuseums reichen weit in die Geschichte zurück. Die herzoglich-württembergische Kunstkammer beherbergte im 16. Jahrhundert nicht nur Kunstwerke und Reliquien, sondern auch vielerlei Kuriositäten aus dem Naturreich. Diese bildeten den Grundstock des 1791 auf Erlass des damalige Regenten Herzog Carl Eugen gegründeten Naturalienkabinetts. Im Jahre 1950 erhielt die Naturaliensammlung schließlich ihren heutigen Namen: Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart. Dank des vorausschauenden Aufbaus der Sammlungen kann das Museum heute auf eine der bedeutendsten naturwissenschaftlichen Kollektionen Europas verweisen. Diese wertvollen Archive des Lebens und der Artenvielfalt bilden die Basis für die vor Ort zu leistende biosystematische Forschung. Sie sind aber auch Voraussetzung für die vielfältige Ausstellungstätigkeit des Museums. Unter diesen beiden Aspekten - Forschung und Präsentation - erfahren die Sammlungen auch heute kontinuierliche Erweiterung. Die Verbindung von naturkundlicher Forschung und breit gefächerter Wissensvermittlung durch vielfältige Bildungs- und Öffentlichkeitsarbeit ist das Kennzeichen des Staatlichen Museums für Naturkunde Stuttgart.

Das Staatliche Museum für Naturkunde Karlsruhe (SMNK) lässt sich auf die markgräflich-badischen Sammlungen von Kuriositäten und Naturalien zurückführen, die durch die Interessen und das Engagement von Markgräfin Karoline Luise von Baden (1723–1783) zwischen 1752 und 1783 zu einer bedeutenden wissenschaftlichen Sammlung ausgeweitet wurden. 1784 wurde das Naturalienkabinett in den Räumen der Hofbibliothek des Karlsruher Schlosses eingerichtet und 1785 erstmals als Museum für das Bürgertum geöffnet. 1806 erhielt es die offizielle Bezeichnung „Großherzogliches Badisches Naturalienkabinett“. Zwischen 1866 und 1872 wurde das heutige Museumsgebäude am Friedrichsplatz für verschiedenste großherzoglichen Sammlungen inklusive Naturalienkabinett und Hofbibliothek errichtet. Nach dem Ersten Weltkrieg erfolgte die Umbenennung in Badische Landessammlungen für Naturkunde und die Sammlungs- und Ausstellungsräume wurden nach Verlagerung der numismatischen, archäologischen und ethnographischen Sammlungen im frei gewordenen Karlsruher Schloss neu geordnet. Im Jahre 1942 wurde das Museumsgebäude bei der Bombardierung Karlsruhes weitgehend zerstört, große Teile der wertvollen Sammlungen gingen während und nach dem Zweiten Weltkrieg verloren. Der Wiederaufbau des Hauptgebäudes konnte 1972 abgeschlossen werden. Heute gehört das Naturkundemuseum Karlsruhe wieder zu den größten Einrichtungen seiner Art in Deutschland. Die Landessammlungen für Naturkunde wurden 1989 in Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe (SMNK) umbenannt. Seit Mai 2008 ist Professor Dr. Norbert Lenz Direktor des Naturkundemuseums. Unter seiner Leitung führt das Museum seine vielfältige Forschungsarbeit fort und nimmt weiterhin seine Aufgabe als Vermittler von Wissen durch zahlreiche Dauer- und Sonderausstellungen und pädagogische Angebote wahr. Die Provenienzforschung zu zoologischen Sammlungsobjekten aus kolonialen Kontexten ist seit 2018 ein eigenes Forschungsprojekt.